(一)办公室
负责厅机关文电、会务、机要、信息、保密、督查、档案、财务等日常工作以及政务公开、新闻发布、来信来访、信息化建设等工作;指导机关后勤服务工作;组织科技史志编修工作。
(二)政策法规处
拟订自治区科技发展政策;会同有关部门推进区域创新体系建设和科技体制改革;承办科技系统法制建设和依法行政有关工作;指导自治区软科学研究工作;拟订自治区促进科技知识产权创造的政策措施;承担自治区科技体制改革工作协调指导小组办公室的日常工作。
(三)发展计划处
组织拟订自治区科技发展规划和年度计划,提出科技计划经费配置建议,协调规划和计划的实施;推动区域科技发展;承担相关科技评估管理和科技统计管理工作;承担自治区科技支撑、高技术研究发展等科技计划的组织实施工作;承担国家科技项目申报工作;承办自治区相关科研机构组建和调整的审核工作。
(四)科研条件与财务处
拟订自治区科研条件保障规划并提出政策建议;会同有关部门研究提出自治区科技资源合理配置的重大政策和措施建议;会同有关部门提出自治区科技基础条件平台建设规划;编制本部门预算中的科技经费预决算,审核归口管理科研单位的科学事业经费、科技专项经费预决算,监督预算的执行;参与拟订自治区重大科技投入政策和科技经费管理办法;负责本部门基本建设和国有资产管理工作。
(五)社会发展与基础研究处
拟订自治区社会发展领域科技发展和基础研究的规划和政策;组织实施相关领域的高技术研究发展计划、科技支撑计划和政策引导类科技计划;组织实施自治区基础研究发展计划和重大科学研究计划;促进生物技术发展及产业化工作;协调科技应对气候变化工作;承担省部共建国家重点实验室培育基地、自治区重点实验室培育基地的运行管理工作;指导自治区重点实验室和重大科学工程、野外科学观测研究基地建设;承担中国科学院和中国工程院院士的遴选、推荐工作;承担新疆少数民族科技人才特殊培养项目的管理工作;组织推动科研基础性工作。
(六)高新技术发展及产业化处(自治区高新技术产业发展领导小组办公室)
拟订自治区相关领域高新技术发展及产业化的规划和政策;组织实施相关领域高技术研究发展计划、科技支撑计划和政策引导类科技计划;会同有关部门指导高新技术产业开发区和高新技术园区的有关工作;推动工业领域的科技体制改革工作和生产力促进中心等技术服务体系建设;承担自治区高新技术产业发展领导小组办公室、自治区高新技术企业认定管理工作领导小组办公室、自治区科技风险投资与技术产权交易指导委员会办公室的日常工作。
(七)农村科技与城乡科普处
拟订自治区科技促进农村发展的规划和政策;组织实施相关领域高技术研究发展计划、科技支撑计划和政策引导类科技计划,培育“星火”龙头企业;指导农村科技服务体系建设,推动农村科技进步;承担科技特派员选派、管理工作;指导农业科技园区工作;协调全区城乡科学技术普及工作。
(八)重大专项工作处(全国科技支疆行动办公室)
组织拟订自治区科技重大专项实施计划,协调解决相关重大问题;组织开展与内地省市区科技合作,协调内地省市区支持新疆科技项目的落实工作;承担全国科技支疆行动办公室的日常工作。
(九)对外科技合作处
组织拟订自治区对国外和港澳台科技合作与交流政策,指导相关部门开展对国外和港澳台科技合作与交流工作;负责自治区人民政府授权因公出国科技团组的审批工作;承担自治区中俄哈蒙阿尔泰区域合作工作领导小组办公室的日常工作。
(十)人事处
承担机关和直属单位的人事管理、机构编制等工作;拟订有关科技人才队伍建设的政策和规划,并组织实施;承担自治区自然科学研究系列、实验技术系列的职称评审等工作。
机关党委 负责机关和直属单位的党群工作。
监察室(与纪检组合署办公)负责机关和直属单位党的纪律检查和行政监察工作。
离退休干部工作处 负责机关离退休干部工作,指导直属单位的离退休干部工作。